子宫内膜异位症因部位不同临床表现变化多端，故须与以下妇科疾病相鉴别
1、盆腔炎性包块
可在子宫一侧或双侧，形成粘连性包块，伴有下腹及腰骶部酸胀疼痛，月经失调，痛经，继发不孕，有急性感染病史，但疼痛无进行性加重的趋势；盆腔结核性包块有结核病或结核病接触史，常伴有月经量少，甚至闭经，原发不孕。通过诊刮子宫内膜活检、子宫输卵管碘油造影、输卵管通水试验可资鉴别。
2、卵巢癌
卵巢癌如误诊为卵巢的子宫内膜异位症，则延误治疗，故必须慎重。卵巢癌一般肿块质地为实质性，表面凹凸不平，体积亦较大，常不伴压痛，不一定有腹痛症状，如有往往也为持续性，而非周期性腹痛。卵巢癌病程进展快，下腹及腰骶部胀痛，甚则出现腹水，血沉较快。行腹腔镜检查及病理活检可明确诊断。
3、子宫肌瘤
浆膜下肌瘤质硬、活动、表面光滑，子宫肌瘤宫体增大、不规则、质硬，无渐进性加重痛经史及周期性下腹痛。应当指出，子宫腺肌病可与子宫肌瘤同时存在（约10%），一般术前较难鉴别。须待手术切除子宫的病理检查。或可尝试针对内异症的药物治疗，如症状迅速（用药1～2个月）改善，诊断倾向于内异症。
4、直肠癌
子宫内膜异位于直肠、乙状结肠而范围较广时，出现月经前或经期排便困难、疼痛、里急后重，子宫内膜侵及肠粘膜时往往引起便血。此类症状疑似直肠癌。但直肠癌伴进行性体重减轻，便血较频，且排便疼痛、里急后重等症状均与月经周期无关，无痛经。肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠壁四周皆狭窄。肠子宫内膜异位症体重不减轻，便血较少。肛诊时粘膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。乙状结肠镜检查可明确诊断以资鉴别。
