子宫内膜异位症因异位内膜的部位不同而表现多端，临床确诊较为困难，故宜与辅助检查相结合，以明确诊断。
一、子宫内膜异位症临床诊断
1、结合病史 有内异症的临床表现，有进行性加剧痛经史、不孕、月经失调史、剖宫产、人流、诊刮等宫腔手术史，以及后天性宫颈粘连等使经血外流受阻，导致经血倒流而致病。
2、妇科检查时发现子宫增大，或在子宫直肠陷凹或宫骶韧带、附件等处触及质硬结节，子宫后倾固定等阳性体征。可做出初步诊断。
二、子宫内膜异位症辅助检查
结合辅助检查以明确诊断 目前常有的辅助检查手段有腹腔镜检查、活组织病理检查、B超检查、X线检查（单独盆腔充气造影及子宫输卵管碘油造影和单独子宫输卵管造影）、血清及腹腔液标记物CA125测定。
