治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、症状及病灶范围，加以全面考虑。
一、对症治疗，缓解疼痛
前列腺素合成抑制剂氟灭酸，消炎镇痛药芬必得等均可缓解疼痛。
二、激素长期治疗
激素治疗的原理是抑制促性腺激素的合成及分泌，使卵巢功能减退，异位子宫内膜萎缩。
1、 丹那唑：是一种合成甾体17α-乙炔睾丸酮的衍生物。用药后引起闭经，可使异位子宫内膜萎缩。
治疗轻、中度盆腔内异症。
常用剂量为0.4—0.8g/d，分2～4次口服。一般治疗2-6周，痛经消失。6个月内膜异位包块缩小或消失。6-8个月为一个疗程。
副作用：肝功能损害、闭经、女性男性化，因亦能引起水分潴留及体重增加，故高血压、心脏病或肾功能不全者不宜应用。
2、内美通（Nemestran）：即3烯高诺酮，为19去甲睾丸酮衍生物，作用同丹那唑。
用量用法：2.5mg/次，每周2次月经第五天开始，连用6-8个月。
副作用较少，但价格昂贵。
3、三苯氧胺：为双苯乙烯衍生物。有抗雌激素作用，缓解症状效果良好，且不抑制排卵，但对缩小内膜异位包块效果较差。
用于轻度盆腔内异症而要求生育的妇女，亦可用于子宫腺肌病人剂量为10mg×2/d，月经第五天开始，连用3-6个月。
4、口服避孕药（避孕1号、避孕2号、复方甲基炔诺酮） 可抑制排卵，缓解痛经，使经期缩短、经量减少，但不能缩小内膜异位包块。
用于痛经较明显而病变较轻微而无生育要求或未婚妇女。
用法：1片/日，月经周期第五天开始，连用22天，连用3-6个月经周期。
5、高效孕激素周期治疗：可用炔异诺酮、安宫黄体酮、妇康片、妇宁片等。作用及适应症同口服避孕药。
用法：月经周期第6-25天服药（上述一种药物）5～10mg。疗程视治疗效果而定。此法可抑制排卵。因此，对希望生育者，可从月经周期第16-25服药，每日10mg。这样既可控制子宫内膜异位症，又不致于影响排卵。
副作用：恶心、呕吐、头痛发胀、子宫绞痛、乳房疼痛以及由于水分潴留及食欲改善而体重过度增加等，给予镇静剂、止吐剂、利尿药及低盐饮食可以减轻。
6、睾丸酮：机理未明，可能是间接通过抗雌激素或直接抑制异位内膜的增长，不影响排卵，可缓解疼痛，并减少经量。
一般开始剂量为10mg/次，每日2次，于月经周期后2周开始口服。这种剂量很少影响月经周期及发生男性化副作用。但要达到止痛目的常需持续服用几个周期。
三、手术治疗
对病灶较大、卵巢内膜异位较大或子宫明显增大，经药物治疗无效者，应行手术治疗。根据患者年龄、有无生育要求及病灶情况，分别采用卵巢内膜异位囊肿剔除术
全宫切除术或全宫加双附件切除术。
