卵巢巧克力囊肿，是月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血“飘洋过海”， 经输卵管“移民”至盆腔，“落户”在卵巢，形成异位囊肿。这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，瘀血无从排出，月复一月，卵巢逐渐增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，色质似巧克力。
卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血不断增加，囊肿体积越来越大，囊腔内积血过多、压力过高，撑破囊壁薄弱部分，囊肿破裂，囊内流出部分积血，压力降低，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流入盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。
较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，长到一定大小时，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会“爆炸”。
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