根据中医的辨证论治观点多囊卵巢综合症以肾虚痰瘀最为多见，故治疗多囊卵巢综合症以补肾化痰、祛瘀调冲为法则，而补肾是其最关键的一步。
激发肾的功能可调节生殖功能，促使经血调顺，冲任血海蓄有度。同时肾的功能正常，水液代谢调畅，湿去痰化，气血和顺，又可使肾—天癸—冲任—子宫轴间的阴阳平衡，所以治肾是关键。
近年来研究证实，补肾药能增强卵巢HCG／LH受体功能，提高卵巢对LH的反应，同时又能增强垂体对LH—RH的反应，从而增强下丘脑—垂体—卵巢的功能，这可能与垂体中LH/RH受体功能有关，也可能是补肾药的作用机制所在。
本病除肾虚外常兼有痰阻血瘀之象，因此治疗应整体与局部相结合，辨证与辨病相结合，采用补肾祛痰化瘀之法，按上述月经周期中肾的阴阳变化进行周期治疗。方药组成：菟丝子，怀山药、益母草、黄芪、仙灵脾，白术，胆南星、石菖蒲，桃仁等。并按月经周期加减变化。
1、经后期（周期第5～10天）：以滋补肾阴、调养冲任为主，静以生水，方中酌加二至丸、首乌等滋养冲任血海填精之品。
2、排卵前期（周期第11～14天）：为阳施阴化，静中生动之际，方中酌加助阳调气活血之品，如赤芍、丹参、香附、鸡血藤等。
3、卵巢增大者的治疗：经B超检查卵巢大小为正常卵巢的1～3倍者，方中酌加祛湿化痰、软坚散结之品，如夏枯草、昆布、穿山甲、皂刺、生薏仁等。
4、排卵后期（周期第15～24天）：为阳气活动旺盛时期，应随肾阳的变化，酌加温补肾阳之品，但注意水中补火，阴中求阳。如小茴香、桂枝、艾叶等。
5、经前期（周期第25～28天）：为血海满盈，将溢未出之际，治疗当因势利导，以通经引血下行为主，方中加强活血调经之品，如红花、桃仁、泽兰、牛膝等。
6、经闭日久患者的加减治疗：经闭日久，或经少，舌紫暗、瘀阻较重者，应酌加虫类破血之品，如水蛭、虻虫、 虫等或酌服大黄 虫丸等；若兼见瘀而化热或痰郁化热之象，可酌加黄柏、制大黄、山栀、丹皮、竹茹、全瓜蒌等。
