器质性便秘是指由于脏器的器质性病变(如消化道疾病、内分泌代谢疾病、药物及化学品中毒、神经系统疾病等)所致的便秘。例如肠粘连及不完全肠梗阻的病人，均可发生便秘，这种便秘就属于器质性便秘。
引起器质性便秘的原因，主要有：
（一）结肠 直肠和肛门疾患
1 痔疮 肛裂 肠外肿物压迫 粘连性嵌顿疝。
2 肠系膜血管栓塞。
3 炎性肠病：克罗恩病 少数溃疡性结肠炎等
4 性病性淋巴肉芽肿。
5 肠道感染性炎症：如阿米巴肠病 肠结核 结肠慈室炎等
6 良恶性肿瘤。
（二）肌力减退
肠壁平滑肌、肛提肌、膈肌或（和）腹壁肌无力、老年、慢性肺气肿、严重营养不良、多次妊娠、全身衰竭、肠麻痹等，由于肌力减退而使排便困难。
（三）肠道平滑肌痉挛
如慢性铅中毒 血冲附病等
（四）内分泌、代谢疾病：
甲状旁腺功能亢进时，肠肌松弛、张力减低；甲状腺功能减退和垂体前叶功能减退时肠的动力减弱；尿崩症伴失水、糖尿病并发神经病变，硬皮病等，均可出现便秘。
（五）肠外感染性疾病
如腹膜炎 感染性毒血症引起的肠麻痹及脱水
（六）药物和化学品
吗啡和阿片制剂；抗胆碱能药、神经节阻断药及抗忧郁药；次碳酸铋、苯乙哌啶以及氢氧化铝等，均可引起便秘。
（七）神经系统病变
脑血管疾患、脑部肿瘤、脊髓肿瘤、腰脊椎损伤、截瘫、多发性神经根炎等累及支配肠的神经、先天性巨结肠、昏迷 糖尿病性神经病变等中枢神经病变，破坏了正常的排便反射也可发生便秘。
